برخی از این نهادها مثل حوزه‌های علمیه با بودجه گرفتن، در واقع روش سنتی حوزه ‌های تشیع را تغییر داده‌اند و حتی عده‌ای از بزرگان این حوزه‌ها تذکر داده‌اند که با این کار، استقلال حوزه را که افتخاری تاریخی برای این نهاد مذهبی بود، خدشه‌دار کرده‌اند.